ATK

ジョブ一元管理システムからATKを利用する方法について説明する。

appcでATKを使用する場合にはMPICH2を使用するため、下記の追加設定が必要となる。

A file named .mpd.conf file must be present in the user's home
directory (/etc/mpd.conf if root) with read and write access
only for the user, and must contain at least a line with:
MPD_SECRETWORD=
One way to safely create this file is to do the following:
  cd $HOME
  touch .mpd.conf
  chmod 600 .mpd.conf
and then use an editor to insert a line like
  MPD_SECRETWORD=mr45-j9z
into the file.  (Of course use some other secret word than mr45-j9z.)

ライセンスを最大限有効活用するため、デフォルトで4並列実行としている。

実行に当たっては、事前に実行スクリプトを作成しておく必要がある。以下に実行コマンドと必要最小限の実行スクリプト例を示す。

script_fileの名前をCOMMANDLINEとすることで、-execオプションは省略可。

利用目的		コマンド	実行スクリプト例 (script_file)
アプリケーションサーバBで実行したい。	CPUは4個使う。	`submit atk -exec script_file`	#!/bin/csh #BSUB -R type==X86_64 mpirun.lsf atk input_file output_file
アプリケーションサーバCで実行したい。	CPUは4個使う。	`submit atk -mpi MPICH2 -exec script_file`	#!/bin/csh #BSUB -R type==IA64 setenv PATH /app/mpi/mpich2/bin:$PATH mpirun.lsf atk input_file output_file

4.6 ATK

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