CPMD

ジョブ一元管理システムからCPMDを利用する方法について説明する。

擬ポテンシャルファイルはカレントディレクトリにコピーしておく。

スーパーコンピューター版CPMDは[ノード内SMP×ノード間MPI]として実行するようにコンパイルしてあるため、スーパーコンピューターで実行する場合のジョブタイプは-jobtype sparallelになる。

実行に当たっては、事前に実行スクリプトを作成しておく必要がある。以下に実行コマンドと必要最小限の実行スクリプト例を示す。

script_fileの名前をCOMMANDLINEとすることで、-execオプションは省略可。

利用目的		コマンド	実行スクリプト例 (script_file)
スーパーコンピューターで実行したい。	CPUは1個でよい。計算時間は長くても3日以内だ。	`submit SB general -jobtype sparallel -exec script_file`	poe cpmd.x input_file > output_file
	試験的に実行したい。1ノード(16CPU)で20分程度利用できれば十分だ。	`submit EA general -jobtype sparallel -exec script_file`
	CPUは1ノード(16CPU)使う。計算時間は長くても3日以内だ。	`submit EB general -jobtype sparallel -exec script_file`
アプリケーションサーバAで実行したい。^※	CPUは32個使う。	`submit am -exec script_file -n 32`	#!/bin/csh setenv EXEC /bgl/cpmd/bin/cpmd.x mpirun -env CPMD_INPUT=input_file -exe $EXEC > output_file
	CPUは128個使う。	`submit am -exec script_file -n 128`
	CPUは256個使う(最大並列実行)。	`submit am -exec script_file`
アプリケーションサーバBで実行したい。	CPUは1個使う。	`submit cpmd -exec script_file`	#!/bin/csh mpirun.lsf cpmd.x input_file > output_file
アプリケーションサーバBで実行したい。	CPUは4個使う(最大並列実行)。	`submit cpmd -exec script_file -n 4`	#!/bin/csh mpirun.lsf cpmd.x input_file > output_file

^※アプリケーションサーバーAは特殊な構造なので、うまく実行できない場合があります。詳細は計算材料学センターにお問い合わせください。

4.4 CPMD