ABINIT

ジョブ一元管理システムからABINITを利用する方法について説明する。

擬ポテンシャルファイルはカレントディレクトリにコピーしておく。

スーパーコンピューター版ABINITは abinip[MPIアプリケーション版]と abinis[1CPU版]の2種類がある。複数CPUを使用して実行したい場合は abinipを使用し、submitコマンドにジョブタイプ -jobtype parallelを指定する必要がある。

実行に当たっては、事前に実行スクリプトを作成しておく必要がある。以下に実行コマンドと必要最小限の実行スクリプト例を示す。

script_fileの名前をCOMMANDLINEとすることで、-execオプションは省略可。

利用目的		コマンド	実行スクリプト例 (script_file)
スーパーコンピューターで実行したい。	CPUは1個でよい。計算時間は長くても3日以内だ。	`submit SB general -exec script_file`	abinis < input_file > output_file
	試験的に実行したい。1ノード(16CPU)で20分程度利用できれば十分だ。	`submit EA general -jobtype parallel -exec script_file`	poe abinip < input_file > output_file
	CPUは1ノード(16CPU)使う。計算時間は長くても3日以内だ。	`submit EB general -jobtype parallel -exec script_file`	poe abinip < input_file > output_file
アプリケーションサーバBで実行したい。	CPUは1個使う。	`submit abinit -exec script_file`	#!/bin/csh mpirun.lsf abinip < input_file > output_file
アプリケーションサーバBで実行したい。	CPUは4個使う(最大並列実行)。	`submit abinit -exec script_file -n 4`

4.3 ABINIT

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