ジョブを投入する場合はsubmitコマンドを使用する。submitコマンドの基本的な使用方法を以下に示す。

submit コマンド

目的

スーパーコンピューターおよびアプリケーションサーバーにジョブを投入する

説明

submit コマンドはスーパーコンピューターのキューQUEUE およびアプリケーションサーバーのキューqueue にジョブを投入する。

QUEUE	スーパーコンピューターのキュー
queue	アプリケーションサーバーのキュー

構文

VASPを実行する

submit QUEUE { vasp | vasp_s | vasp_g } [ -n num ] [ -J Jobname ] [ -B ] [ -N ] [ -u mail_address ] [ -largememory ] [ -longtime ]

Gaussianを実行する

submit cg03 input_file [ output_file ] [ -n num ] [ -J Jobname ] [ -B ] [ -N ] [ -u mail_address ]

その他 対話系アプリケーションを実行する

submit { interactive | phoenics | compile | adfgui } [ -J Jobname ] [ -B ] [ -N ] [ -u mail_address ] [ -disp Your_IP_Address ]

その他 バッチ系アプリケーションを実行する

submit { QUEUE general | queue } [ -jobtype { sereal | parallel | sparallel } ] [ -exec script_file ] [ -n num ] [ -J Jobname ] [ -B ] [ -N ] [ -u mail_address ] [ -mpi { MPICH | MPICH2 } ]

オプション

vasp | vasp_s | vasp_g

実行するVASPの種類を指定します。

[MPI版]を利用したい場合はvaspを指定します。

[SMP版]を利用したい場合はvasp_sを指定します。

[Γ点版]を利用したい場合はvasp_gを指定します。

-n num

実行対象がスーパーコンピューターの場合、使用するノード数を指定します。実行対象がアプリケーションサーバーの場合、使用するJob Slot数を指定します。指定できる値の範囲は1〜4です。省略した場合は1にします。

-J Jobname

ジョブに対して利用者が識別名称をつけることができます。英数字13文字以内で任意に設定できます。省略した場合は各キューイングシステムのデフォルト値が使用されます。

-B

ジョブ開始時にメールを送付します。省略した場合はメールを送付しません。-N および-u オプションと組み合わせて利用できます。

-N

ジョブ終了時にメールを送付します。省略した場合はメールを送付しません。-B および-u オプションと組み合わせて利用できます。

-u mail_address

ジョブ開始時/終了時に送付するメールのアドレスを変更します。省略した場合のメールアドレスはジョブ実行者のユーザ名@imr.edu になります。-B および -N オプションと組み合わせて利用できます。

-largememory

QUEUE で EB を指定した場合のみ有効です。1ノードあたりの利用できるメモリの制限を2倍の96GBに増加します。

-longtime

QUEUE で EB を指定した場合のみ有効です。1ノードあたりのCPU時間制限を約3倍の3,200時間に延長します。

QUEUE general

スーパーコンピューターのキューQUEUE上で、スクリプトファイルで指定したジョブを実行します。

-disp Your_IP_Address

対話系アプリケーションでX Windowにて画面表示させるディスプレイ(端末)のIPアドレスを指定します。通常はシステムが自動的に適切なIPアドレス情報を取得するため、設定する必要はありませんが、複数ホストを経由してSSH接続している場合には、あなたが利用しているディスプレイ(端末)のIPアドレスを指定する必要があります。

-jobtype { sereal | paralell | sparallel }

スーパーコンピューターを有効利用するため、アプリケーションの種類を指定するオプションです。省略した場合はsereal として実行します。

[シングルCPUアプリケーション]または[SMPアプリケーション]の場合にはsereal を指定します。

[MPIアプリケーション]の場合にはparalell を指定します。

[ノード内SMP×ノード間MPI]アプリケーションの場合にはsparallel を指定します。

-exec script_file

バッチ系アプリケーションとして実行するスクリプトファイル名を指定します。省略された場合はCOMMANDLINE というスクリプトファイル名であるとして実行します。

-mpi { MPICH | MPICH2 }

アプリケーションサーバーでmpiアプリケーションを実行する場合にのみ有効なオプションです。使用するmpiの種類を指定します。省略した場合はMPICH として投入されます。

MPICHを使用するアプリケーションの場合にはMPICH を指定します。

MPICH2を使用するアプリケーションの場合にはMPICH2 を指定します。appcでATKを使用する場合にはこのオプションが必要です。